AI 原生生物学工作空间

模拟生命。解析疾病。

MindCell 将虚拟细胞建模、疾病表型智能与专业生物医学 AI 汇聚于同一个由智能体协作驱动的研究环境。

开始生物学研究探索平台

+ 智能体调度
+ 模型感知
+ 全程可追溯

LIVE IN-SILICO RESPONSE

06organelles modeled

向下探索

AI 原生药物发现

从 AI 疾病建模
到药物发现。

跨个体、细胞和分子层面构建可计算的疾病模型，再利用同一生物模型筛选干预方案并发现治疗靶点。

01构建疾病模型表型 · 细胞 · 机制

层级 / 01 已解析

个体

疾病表型

解析疾病与健康状态之间具有区分度的解剖特征和功能特征。

层级 / 02 已解析

细胞

细胞表型

将组织层面的变化追溯至其背后的细胞状态、形态与功能。

层级 / 03 已解析

分子

分子机制

将细胞功能异常关联到可干预的通路、蛋白质和分子事件。

02让模型驱动发现建模 · 筛选 · 排序

阶段 01建模

AI 疾病建模

基于多模态表型和患者证据，构建可计算的疾病模型。

+ 多模态+ 因果

阶段 02筛选

细胞药物筛选

开展计算机模拟扰动，并根据表型恢复效果而非单一代理指标筛选化合物。

+ 扰动+ 排序

阶段 03靶点

靶点发现

发现与作用机制、预测响应和支持证据相关联的潜在干预靶点。

+ 机制+ 证据

输出机制关联的治疗假设

从表型到靶点，全程可追溯。

基础模型，一站式工作空间

面向生命系统的模型中心。

通过统一研究界面运行经过验证的生物学 AI 模型。MindCell 会将问题交给合适的专业模型，统一管理输入与输出，并让每项结果都可追溯。

MindCell模型中心AI 智能调度

AlphaFold 3

复合物结构

Boltz

结构与亲和力

OmegaFold

单序列折叠

OpenFold

开放结构平台

DiffDock

分子对接

RFdiffusion

生成式设计

ProteinMPNN

序列设计

ProGen2

蛋白质生成

ESM

蛋白质语言模型

Evo 2

基因组语言模型

RiNALMo

RNA 语言模型

Uni-Mol

分子基础模型

MindCell 科研博客

观点、方法与证据。

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如何用 Aggrescan3D 和 PDB 结构绘制蛋白质聚集倾向图

Aggrescan3D 1.0.2 静态分析为官方 RCSB Protein Data Bank 结构 2GB1 的 chain A 全部 56 个残基生成有限分数。最低值为 −3.5629，最高值为 1.1983，算术平均值为 −1.4135875。最高残基是 valine A:21，得分 1.1983；第二名是 methionine A:1，得分 0.5750。经过验证的交付物包括完整逐残基表、以分数注释的结构和原生 PNG/SVG profile。这个结果只是在所选结构模型下把位置排序，不能证明 2GB1 在实验中发生聚集，不能预测速率，也不能直接推荐 mutation。本次只在 Lin

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如何用 PyMOL 对齐 PDB 蛋白结构并正确解释 RMSD

PyMOL 3.1.0 把官方 RCSB/PDBe 的 1D3Z ubiquitin NMR 结构作为 mobile，对齐到官方 RCSB 1UBQ X-ray ubiquitin target。cmd.align 精确返回 [0.39735108613967896, 449, 5, 1.2869186401367188, 602, 381.0, 76]：五次 refinement 后，449 对 atom 的 RMSD 为 0.397351 Å；outlier rejection 前，602 对 atom 的 RMSD 为 1.286919 Å；raw alignment score 是 3

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科研合作

碳水晶硅

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疾病表型

细胞表型