层级 / 01 已解析个体
疾病表型
解析疾病与健康状态之间具有区分度的解剖特征和功能特征。
AI 原生生物学工作空间
模拟生命。解析疾病。
MindCell 将虚拟细胞建模、疾病表型智能与专业生物医学 AI 汇聚于同一个由智能体协作驱动的研究环境。
- + 智能体调度
- + 模型感知
- + 全程可追溯
LIVE IN-SILICO RESPONSE
06organelles modeled
向下探索
AI 原生药物发现
从 AI 疾病建模
到药物发现。
跨个体、细胞和分子层面构建可计算的疾病模型，再利用同一生物模型筛选干预方案并发现治疗靶点。
01构建疾病模型表型 · 细胞 · 机制
层级 / 01 已解析
层级 / 02 已解析细胞
细胞表型
将组织层面的变化追溯至其背后的细胞状态、形态与功能。
层级 / 03 已解析分子
分子机制
将细胞功能异常关联到可干预的通路、蛋白质和分子事件。
02让模型驱动发现建模 · 筛选 · 排序
阶段 01建模
AI 疾病建模
基于多模态表型和患者证据，构建可计算的疾病模型。
+ 多模态+ 因果
阶段 02筛选
细胞药物筛选
开展计算机模拟扰动，并根据表型恢复效果而非单一代理指标筛选化合物。
+ 扰动+ 排序
阶段 03靶点
靶点发现
发现与作用机制、预测响应和支持证据相关联的潜在干预靶点。
+ 机制+ 证据
输出机制关联的治疗假设
从表型到靶点，全程可追溯。
基础模型，一站式工作空间
面向生命系统的模型中心。
通过统一研究界面运行经过验证的生物学 AI 模型。MindCell 会将问题交给合适的专业模型，统一管理输入与输出，并让每项结果都可追溯。
MindCell模型中心AI 智能调度
AlphaFold 3
复合物结构
Boltz
结构与亲和力
OmegaFold
单序列折叠
BioEmu
蛋白质动力学
OpenFold
开放结构平台
DiffDock
分子对接
GNINA
神经网络对接
RFdiffusion
生成式设计
ProteinMPNN
序列设计
ProGen2
蛋白质生成
SaProt
结构感知蛋白模型
ESM
蛋白质语言模型
Evo 2
基因组语言模型
RiNALMo
RNA 语言模型
ViennaRNA
RNA 结构与设计
Uni-Mol
分子基础模型
MindCell 科研博客
观点、方法与证据。
01
如何用 Aggrescan3D 和 PDB 结构绘制蛋白质聚集倾向图
Aggrescan3D 1.0.2 静态分析为官方 RCSB Protein Data Bank 结构 2GB1 的 chain A 全部 56 个残基生成有限分数。最低值为 −3.5629，最高值为 1.1983，算术平均值为 −1.4135875。最高残基是 valine A:21，得分 1.1983；第二名是 methionine A:1，得分 0.5750。经过验证的交付物包括完整逐残基表、以分数注释的结构和原生 PNG/SVG profile。这个结果只是在所选结构模型下把位置排序，不能证明 2GB1 在实验中发生聚集，不能预测速率，也不能直接推荐 mutation。本次只在 Lin
阅读文章 →02如何用 PyMOL 对齐 PDB 蛋白结构并正确解释 RMSD
PyMOL 3.1.0 把官方 RCSB/PDBe 的 1D3Z ubiquitin NMR 结构作为 mobile，对齐到官方 RCSB 1UBQ X-ray ubiquitin target。cmd.align 精确返回 [0.39735108613967896, 449, 5, 1.2869186401367188, 602, 381.0, 76]：五次 refinement 后，449 对 atom 的 RMSD 为 0.397351 Å；outlier rejection 前，602 对 atom 的 RMSD 为 1.286919 Å；raw alignment score 是 3
阅读文章 →03如何使用 ancseq 与 IQ-TREE 重建祖先 DNA 序列
直接结论。 验证流程根据输入比对选择 IQ-TREE 模型，以 AVR-Mgk5GE162 作为外群完成定根，重建了13条祖先记录，并生成全部6项最终交付物。排序状态概率表包含68,807字节的显式概率记录，中间 IQ-TREE 文件没有被误报为最终结果。该结果在保留的第1次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →04如何使用 ANARCI 与 Kabat 体系注释抗体轻链并编号
直接结论。 ANARCI 识别出一条覆盖残基0–106的人源 κ 轻链，保留的 HMM 得分为197.0，e值为1.6 × 10⁻61，分配的胚系基因为 IGKV1-1201 与 IGKJ101。Kabat 编号 CSV 和 HMM 证据表均通过语义验证。该结果在保留的第1次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →05如何使用 ESOL 模型从 SMILES 估算水溶解度
直接结论。 模型预测乙醇、苯和辛醇的 logS 分别为−0.0424460527、−1.9325820263和−2.3143366025，正确恢复“乙醇 苯 辛醇”的溶解度顺序，并保留分子量、LogP、可旋转键、芳香比例、SMILES 与单位。该结果在保留的第1次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →06如何使用 Arboreto GRNBoost2 推断基因调控网络
直接结论。 GRNBoost2 返回8条排序后的转录因子—靶基因边，并恢复了 TF1→targetTF1 与 TF2→targetTF2 两条预设关系。摘要保留表达矩阵维度、调控因子列表、随机种子777、最高边、恢复标志，并明确说明重要性表示预测关联而不是因果证明。该结果在保留的第1次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →07如何使用 PyBIDS 创建并验证最小 BIDS MRI 数据集
直接结论。 流程创建了合成 T1w 图像、四时间点静息态 BOLD 图像、事件表、侧车文件、参与者元数据和数据集元数据。PyBIDS 成功查询受试者、任务、BOLD 文件、继承的重复时间和 NIfTI 形状；清单包含12行，真实 BIDS 验证器返回0个验证错误。该结果在保留的第1次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →08如何用 Datamol 标准化分子、计算描述符、聚类指纹并生成三维构象
经过验证的 Datamol 工作流标准化六条带名称的 SMILES，计算精确分子量、cLogP、氢键供体数、氢键受体数和拓扑极性表面积，生成半径 2、长度 2048 bit 的 ECFP 指纹，计算对称 6 × 6 距离矩阵，把所有分子分配到五个 Butina cluster，并为 ibuprofen 生成五个三维 conformer。Datamol 0.12.5 在保留的第 4 次尝试中生成规范文本、CSV、JSON 与 SDF。验证器检查描述符有限、cluster 成员完整、距离矩阵对角线为零且对称，以及 SDF 能被读取并包含非零三维坐标。这些结果只是小型合成教学数据的计算表示，不证明生
阅读文章 →09如何使用 DockQ 评估蛋白同源二聚体模型并解析链映射
直接结论。 DockQ 2.1.3 选择 AB:AB 模型—天然链映射，并返回 DockQ 1.000、iRMSD 0.000 Å、LRMSD 0.000 Å、fnat 1.000、F1 1.000和0个碰撞。由于合成模型坐标与天然夹具完全相同，这些精确值符合预期。该结果在保留的第1次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →10如何用 Psi4 计算分子电子性质：能量、HOMO–LUMO 能隙与偶极矩
电子结构计算把分子几何、电荷、自旋多重度、理论方法和基组转化为有关电子与能量的定量结果。本文使用 Psi4 1.11，对中性单重态水分子执行限制性 Hartree–Fock 与 STO-3G 基组的单点计算。通过验证的运行得到总电子能 −74.9630783753 hartree、HOMO 能量 −0.3912317659 hartree、LUMO 能量 0.6053476877 hartree、前线轨道能隙 0.9965794536 hartree，以及程序分子坐标系中的偶极向量 (0, 0, 0.6787236267) debye。
阅读文章 →11如何用 Psi4 在笛卡尔网格上计算分子静电势
分子静电势通常简称 ESP，它描述分子周围某个位置与单位正试探电荷之间的相互作用能。静电势同时包含原子核的正贡献和电子密度的负贡献，因此可以把空间中的电荷分布转化为可计算的场。研究者常用它讨论分子识别、氢键、取代基效应，以及哪些区域更容易与带正电或带负电的相互作用伙伴接近。
阅读文章 →12如何使用 EMBOSS Needle、Water 与 seqret 比较蛋白质序列
两条只有一个氨基酸差异的蛋白质序列，可以通过多种含义不同的方法进行比较。全局比对关心两条完整序列从起点到终点如何对应，局部比对寻找得分最高的局部片段，格式转换则应当在改变文件表示方式的同时保持生物序列不变。本次经过完整验证的工作流使用 EMBOSS 6.6.0 同时测试这三类操作：seqret 把一条含有 58 个残基的 FASTA 记录转换为 Swiss-Prot 文本，Needle 生成端到端全局比对，Water 生成局部比对。两个原生报告都给出 57/58，即 98.3% 一致性，以及 58/58，即 100.0% 相似性。
阅读文章 →13如何使用 RDKit、SMILES 与 SDF 枚举 R 基团化合物库
R 基团枚举通过把一个共享分子骨架与一组预先定义的取代基组合，生成可供筛选和分析的虚拟化合物库。本次经过完整验证的示例使用一个包含虚拟连接原子的苯基骨架，分别连接甲基、氨基和羟基。RDKit 2026.03.4 最终生成恰好三个经过清理且互不重复的分子：甲苯（Cc1ccccc1，C7H8）、苯胺（Nc1ccccc1，C6H7N）和苯酚（Oc1ccccc1，C6H6O）。对应平均分子量为 92.141、93.129 和 94.113 g/mol。
阅读文章 →14如何使用 IgBLAST、AIRR TSV 与小鼠 V(D)J 胚系基因注释抗体序列
IgBLAST 能够把免疫球蛋白或 T 细胞受体序列与胚系 V、D、J 基因数据库进行比较，并给出重排基因分配、连接区、互补决定区和框架区等注释。在本文的小鼠免疫球蛋白重链实例中，IgBLAST 1.22.0 将 V、D、J 基因分别确定为 145A、DFL16.1 和 JH1，把该重排判定为可表达的 productive 序列，并返回完整连接区氨基酸序列 CASFITTVVATYWYFDVW。机器可读结果保存为完整 AIRR rearrangement TSV，面向读者的报告则经过逐字段复核，确保不会把完整 junction、CDR3 与 FWR3 混为一谈。
阅读文章 →15如何使用 Imaging Data Commons 查询并下载公共癌症影像 DICOM 数据
美国国家癌症研究所 Imaging Data Commons 提供可检索的公共放射学、病理学和衍生影像数据，并在元数据中记录许可证。可靠下载不应从盲目传输整个集合开始，而应先精确选择 series，检查 modality、instance count、预计体积和授权条件，再下载并重新打开每个 DICOM 对象。本文验证实例使用 idc-index 0.12.4 查询 IDC v24 中的一条 presentation-state series。索引返回一个大小为 0.001266 MB 的实例，许可证为 CC BY 3.0。下载文件随后由 pydicom 3.0.2 重新读取，Study、Se
阅读文章 →16如何开展医疗器械 ISO 13485 质量管理体系文件差距分析
科学原理导论 科学软件能否启动，只是判断工作流是否可信的起点，而不是终点。一个可以复核的研究流程必须保留输入材料，说明计算假设，记录软件版本与运行平台，生成可检查的结构化产物，并且把“程序输出了什么”与“这个输出可以支持什么结论”严格分开。controlled document-topic triage 的价值在于把宽泛问题收敛为输入、参数、运算和输出都清晰的有限任务；它给出的是决策过程中的一项证据，而不是脱离上下文即可成立的科学结论。
阅读文章 →17如何使用 Matchms 修饰余弦相似度比较串联质谱
流程解析了3张质谱图，包括2个参考谱和1个查询谱。查询碎片整体偏移2 Da，因此精确贪婪余弦得分为0；修饰余弦考虑前体离子偏移后，以0.9999999999999999的得分和5个匹配峰识别出咖啡因参考谱，无关参考谱仍为0。。该结果在保留的第5次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →18如何使用 GROMACS 对微型分子体系运行可复现能量最小化
GROMACS 2024.5 用27步完成最速下降能量最小化。势能从136.938477 kJ/mol降至−0.972452 kJ/mol，运行报告收敛；原生EDR、TRR与GRO产物均成功重新打开检查。。该结果在保留的第5次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →19如何通过能量与坐标检查验证 OpenMM CPU 分子动力学流程
OpenMM 8.3.1 明确选择CPU平台。最小化将势能从4.5 kJ/mol降至3.8518598887744717×10⁻³² kJ/mol；随后运行20个1飞秒Langevin-middle步，最终势能为5.680147519456703×10⁻⁵ kJ/mol，并保留两个以纳米计的三维坐标。。该结果在保留的第5次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →20如何使用 Medchem 规则、结构警报与 SMILES 验证筛选化合物库
5条输入中有4个有效结构和1个显式无效SMILES错误。4个有效结构中，Rule of Five、Veber、PAINS、常见警报与NIBR检查均各有3个通过。Rhodanine未通过PAINS和NIBR；长链烷烃未通过Rule of Five、Veber和常见警报。。该结果在保留的第4次尝试中通过原生执行、真实聊天端到端执行和语义产物验证，只能在本演示的数据、方法和限制范围内解释。
阅读文章 →科研合作
碳水晶硅
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